Surgiu da incorporação do Campus de Santarém da UFPA e da Unidade Descentralizada Tapajós da Universidade Federal Rural da Amazônia (Ufra), as quais mantinham atividades na região Oeste paraense. A Ufopa assimilou também outras unidades da UFPA e da Ufra para a formação dos campi de Alenquer, Itaituba, Juruti, Monte Alegre, Óbidos e Oriximiná. Em Santarém, a Ufopa mantém suas atividades, atualmente, em duas unidades: Unidade Rondon, localizada no bairro Caranazal; e Unidade Tapajós, no bairro Salé.
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